在使用小型孵化機過程中要隨時留意觀察口上的溫度計顯示的溫度，發現異常及時檢查控溫系統，排查故障。
隨著胚齡的增長適當的開啟排氣口和進氣口，后期全部打開，胚胎的正常發育，前期不易開太大，以免加溫速度發生變化，浪費電能。
注意小型孵化機的翻蛋角度是否準確，讓所有小型孵化機翻蛋方向一致方便治理，每翻一次做好記錄，留心小型孵化機控濕裝置的水箱內不能斷水，感受元件的紗布與水盒內要經常換水，紗布被臟物污染后要洗凈后重裝。
對于無主動控濕裝置的孵化機，要定時往水盤內加溫水并根據不同孵化期對濕度的請求，調劑水盤的數目，以胚胎發育對濕度的請求。
每孵化一批之后，需要對小型孵化機或者出雛機進行徹底的沖洗和消毒，檢查設備是否有松動現象，卡碰現象，檢查減速器內潤滑油的情況，及時清除設備上的絨毛、灰塵等一些臟物。